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1擇業態度分析調查顯示,體育教育訓練學的研究生就業前景較為樂觀,而運動人體科學的研究生對就業前景最為悲觀,這可能由于目前體育教育的崗位需求較多。僅有24人有讀博的意愿,其中有半數認為目前就業壓力比較大,繼續升學有助于找到更為理想的工作崗位。對就業單位的選擇,學校、國家機關和國有企業排在了前三位,因為選擇此類國有單位待遇好、工作穩定。沿海開放城市、省會城市等經濟較發達地區對研究生吸引力較強,機會多、收入高是主因。國家急需人才的邊遠或農村地區選擇較少,條件艱苦、收入不高、物價上漲、來自家庭的壓力成為主要制約因素。工資收入是研究生較為關注的問題。大部分研究生期望月薪在3000至5000元。主要因為研究生自我評價高于本科生,認為應當取得高額回報。
2擇業行為準備分析對于關注有關就業信息的時間,選擇研二期間占大多數。大多數研究生表示,研三期間涉及畢業論文和找工作兩項大事,提前準備較為有利。就業信息獲取渠道暢通與否,決定了研究生是否能夠獲得更多的就業機會。社會性職業介紹網站和學校就業網站被研究生認為是獲取就業信息的主要渠道。這有利于研究生拓寬就業視野,學校就業網站對于研究生就業所學專業更有針對性。
3擇業需求分析更多的單位介紹和招聘信息和更多的有關面試和演示的技巧介紹成為研究生選擇最希望得到的求職信息的前兩項。增加應聘次數和提升面試成功率將有助于研究生找到心儀的工作。充分發揮學校畢業生就業指導中心的作用是幫助研究生找到理想工作的重要途徑。學校應通過必要的就業指導服務,幫助畢業學生走上一條既適合自身發展又符合社會發展需要的道路。當前研究生認為學校畢業生就業指導和服務應大力加強或改進的內容主要集中在收集提供就業信息、向社會畢業生的有關情況和信息、幫助畢業生推薦工作單位和求職應聘技巧指導這幾個方面。研究生在自身增強就業能力上通常采取認真補習專業知識、找兼職工作、參加職業技能培訓等方式。這表明研究生普遍意識到在復雜多變的社會環境中,若想在就業中取得優勝,不但需要努力學好本專業基本知識、技術、能力,還要培養自身的人際交往能力、團隊合作能力等能力。研究生找工作時考慮的主要因素是單位性質、薪酬高低、個人發展和公司規模。大部分研究生期望擁有良的工作發展環境和豐厚的待遇。但是畢竟當前這樣的崗位少、競爭激烈,如果研究生面對挫折不能夠調整選擇心態,容易導致失業。當前研究生就業指導獲取的主要來源主要有社會媒體、學校就業指導中心及學校各教師。對于即將走出校園步入社會的研究生,就業指導信息獲取與吸收決定了他們應聘的成功率。豐富指導內容、擴大指導范圍,將提升研究生應聘技巧,幫助其順利找到工作。研究生認為在求職過程中主要的困難在于信息量少、自身優勢不易發揮、求職方法技巧欠缺以及自身對社會缺乏足夠了解這些方面。這表明一方面研究生總體數量的擴大影響到了社會供需平衡,另一方面大部分研究生對自己將來在社會的定位不太準確,感覺到社會需求和學校所學存在一定脫節。
二.結束語
關鍵詞:音樂;聲樂教學;情感
一直以來,聲樂教學總是圍繞著解決開喉嚨、呼吸、喉頭等技術問題來進行。傳統教學中過于強調肌肉運動的技術能力,忽視了人的情緒性格等因素,造成技術的不全面,使專業的學習較為艱難。聲樂學生整天努力練習的不是如何進步,而是忙于解決各種聲音的毛病。許多聲樂前輩和老師說。學習聲樂就是建立好的“歌唱樂器”,就是“發聲機器”的訓練過程。然而這種單一的將發聲技能作為聲樂教學的全部的教學方法,是不能真正達到聲樂教學效果的。聲樂是技術和音樂的結合,它需要一個整體協調的狀態,包括情感控制、咬字狀態、心理穩定等方面,僅僅練習發聲技術不但學不好技術,還會影響歌唱的美感。實際上聲樂就是正確的說話,歌唱最終是表達感情的。歌唱的內容是歌曲的音樂情感和音調,其他的練習都是輔的。而且每個人對聲樂技術的感受都是不一樣的。而教師最終的責任就是幫助學生穩定狀態,建立起學生個人的演唱技術狀態。優秀的教師是不拘于某種教學模式的,而是通過合適的教學方法達到教學目的。結合多年的教學實踐,筆者得知以音樂中心,通過表現音樂形象來調整發聲技術的聲樂教學方法事半功倍。
一、建立以音樂為中心的整體教學觀念
聲樂是音樂、詩歌和演唱技巧完美結合的藝術。好的演唱必須建立在科學的發聲技巧、豐富的情感體驗和濃厚的文化底蘊基礎之上。因此,作為教師必須從“重技輕藝”的誤區中走出來,使自己具有較高的文學修養、史學修養、語言修養、美學修養和音樂理論修養,建立以音樂為中心的整體教學觀念。作為藝術的一個分支,音樂是聲樂藝術中的重要內容,教師應從培養學生音樂內心聽覺與音樂意象人手,在聲樂教學實踐中,通過長期刻苦的音樂藝術訓練,融入練習者的創造性,并依靠練習者的情感、經歷、修養和文化水平的提高不斷促進聲樂藝術的表現。技與藝,即聲與情,一向是歌唱中血肉相連的兩個部分。發聲、咬字、吐字和隋感的表達構成歌唱的整體,二者不可分割。歌唱的人聲是以人身的整體作為樂器從事歌唱的,絕非只靠嗓子、氣息或共鳴就能單獨完成。歌唱是全身心都參與的一種表演藝術,歌唱應成為諸種因素融匯于一個整體中的扣人心弦的完美藝術。換言之,只有聲情并茂,技藝結合,才能使歌唱達到感人的境界,產生沁人肺腑的藝術效果。聲與情辯證統一,相輔相成。不論是專業歌唱者還是業余愛好者,在平時的訓練中,要加強整體歌唱的意識,使歌唱發聲與情感表達同時進行,使聲、字、情成為一體,養成用心靈歌唱的習慣。由于每個人的生理條件不同,嗓音也有差異,在聲樂教學中整體訓練尤為重要,它不僅包括歌唱呼吸的整體訓練、歌唱語言處理,歌唱心理的訓練等,更重要的還是歌唱的魂——音樂的訓練。從開始練聲起,就要同音樂結合起來,即練聲也要有良好的樂感。音程、音階的練習中,一方面是肌肉、音準、氣息、共鳴等方面的技術練習,同時它們又都是樂曲的組成部分,要給它們以音樂的活力和生命。因此練聲一開始,要求每個歌唱者把音程、音階、練聲樂句也唱得悅耳、動聽。以上我們可以領悟到,在歌唱發聲的過程中,呼吸、共鳴、吐字、表現缺一不可,它們是相互聯系、相互促進、相輔相成的,這就是我們所要求的“整體歌唱”的含義。
二、有內涵的練聲
歌唱發聲練習的目的,簡言之,就是將歌曲演唱中對聲音所需求的各種技術環節,通過有規律、有步驟的發聲練習,逐步提高歌唱發聲的生理機能,調節各歌唱器官的協作運動,養成良好的歌唱狀態,使歌唱發聲的技術成為歌唱表現的有力手段,為達到聲情并茂的演唱效果服務。發聲練多因為沒有歌詞的原因,被認為是沒有情感內容的,屬于純粹技術練習,如單個音素、音節的發音練習,擴展音域的練習,提煉音質的練習等等。其實不然。即使是單個長音,假使我們用不同的情緒來表達,也將出現多種聲音音色、音質的表達方式。在歌唱中“聲和情”永遠都是緊密聯系的。例如:我們在心情愉快時發出的聲音是甜潤、溫暖的,而板著臉孔則會發出冰冷、干澀的聲音,即便符合練習要領,聲音效果也是差強人意的。發音正確基本方法的掌握,是為了利于更大程度地表情達意,而不是單純地追求聲音。愉快、溫暖的發音應是歌唱時的最基本聲音色調,它可以使聲音柔和悅耳,聲隨情走,充分做到有聲有情,情托聲,聲含情。
在聲樂教學中,練聲過程是整體教學過程中的重要環節,如何讓學生從枯燥的練聲技能中擺脫出來,就需要運用音樂的魅力,發揮練聲曲的作用。在練聲前,首先要求學生在思想上作好準備,借助發聲練習曲調的旋律,訴說自己的心情和愿望,抒發內心的情懷。例如:5432|1——這一短小的練聲曲,可以引導學生想象這個練聲曲的旋律是對“彩虹”的描繪,提示學生用聲音來描繪彩虹的形狀,以及用“雨后見彩虹”的欣喜心情來進行發聲練習。如此,簡單枯燥的練聲曲就被賦予了新的意義,學生會用愉快的心情去完成,最終達到練聲目的。同時,在發聲練習過程中,結合字聲練習(帶詞練習)要求根據詞意思維有想象、有意境、有畫面、語氣有表現、聲音有樂感、有感情地去唱。力求做到字正腔圓、以情帶聲、聲情并茂,慢慢地向歌唱歌曲作品過渡。
三、“以情帶聲”的歌唱訓練
歌唱是最富有情感的藝術,更是人類心靈對世界感應的產物,是以歌唱聲音為物質材料的人類精神喚醒及生命升華的展開形式,它以獨特的藝術表現形式展開其價值,充分體現了人類情感表現的自我創造與追求,是情感的美化和升華。在歌唱的諸多環節中,“情”是最重要的,在歌唱中起主導作用,是聲音的靈魂。匈牙利音樂教育家柯達伊指出:“藝術的精髓并不是技術而是心靈,一旦心靈可以毫無障礙地自由表達,便能創造出完整的音樂效果”。意大利著名的歌唱家卡魯索認為“歌唱是一種樂趣,而不是為了追求一種效果而作的技術掙扎。”他在歌唱時聽從心靈的支配,超越技術對他的影響,他的感情是他歌唱中唯一的導師。北京曲藝界也有著“說書一股勁,唱曲一段情”的藝諺,要求演唱者以充沛的內在情感統領、調動聲音,以顯示情真意切、優美動人的雙重藝術魅力。因此,筆者認為在聲樂教學中將學生的注意力集中到歌唱的情感表達和歌唱的藝術表現上,會給課程的整個過程帶來一個良好的開端。
歌唱前讓學生充滿激情地朗誦歌詞,醞釀感情,根據歌詞的內容與情緒決定抑、揚、頓、挫的聲調和字的噴口力度,形成自如生動、富有感染力的語氣。在此基礎上鼓勵學生把握歌唱內容所要求的總體形象,在腦海里形成“內心形象”,從內心視覺、聽覺上感受音高、節奏、發音及內容表達的理想效果,引導學生感受音樂,表達情感,積極地投入歌唱——即“以情帶聲”的歌唱。它就好像講故事時的高低起伏,抑揚頓挫。這種忘掉技術、注重表達歌詞內容的歌唱才能打動觀眾。例如在《節日歡歌》歌唱訓練中,啟發學生懷著激動興奮的情緒,表現節日中歡快的氣氛。學生在跳躍生動的音樂指引下,自然而然的就能運用光彩明亮、流暢生動的高位置聲音來演唱,無須過多的聲樂術語做解釋。同樣在教授歌曲《黃水謠》時,首先讓學生了解音樂的背景,以及音樂所要表現的三個截然不同的層面,力圖讓學生從音樂中感受三種不同的情感,而后的演唱比單從聲音技巧來訓練、要求學生要有效果。如此的“以情帶聲”的歌唱訓練,充分發揮了音樂的作用,讓學生展開了想象的翅膀,使他們從復雜的歌唱技巧中解放出來,從中真正感受到所帶來的強大的藝術感染力,體現了歌唱的本質。
從專業學位研究生的特征及社會發展需要出發,抓住工程實踐環節特性,提出一種漸進式項目化管理工程實踐教育平臺機制。該機制以建立項目化管理流程、合約管理考核、多渠道經費投入、雙導師制等一系列管理機制為基礎,構建工程實踐教育平臺,從而使得學生、導師、企業、學校四位主體收益。以下是學術參考網小編為朋友們搜集整理的研究生學位論文致謝,歡迎閱讀!
歲月如梭,如歌。轉眼間,三年的研究生求學生活即將結束,站在畢業的門檻上,回首往昔,奮斗和辛勞成為絲絲的記憶,甜美與歡笑也都塵埃落定。交通大學以其優良的學習風氣、嚴謹的科研氛圍教我求學,以其博大包容的情懷胸襟、浪漫充實的校園生活育我成人。值此畢業論文完成之際,我謹向所有關心、愛護、幫助我的人們表示最誠摯的感謝與最美好的祝愿。
本論文是在導師李霞副教授的悉心指導之下完成的。三年來,導師淵博的專業知識,嚴謹的治學態度,精益求精的工作作風,誨人不倦的高尚師德,樸實無華、平易近人的人格魅力對我影響深遠。導師不僅授我以文,而且教我做人,雖歷時三載,卻賦予我終生受益無窮之道。本論文從選題到完成,幾易其稿,每一步都是在導師的指導下完成的,傾注了導師大量的心血,在此我向我的導師李霞副教授表示深切的謝意與祝福!
本論文的完成也離不開其他各位老師、同學和朋友的關心與幫助。在此也要感謝王保民等各位老師在論文開題、初稿、預答辯期間所提出的寶貴意見,感謝管理學院能源課題組為本論文提供的數據和建議,還要感謝同門的師兄師妹們,在科研過程中給我以許多鼓勵和幫助。回想整個論文的寫作過程,雖有不易,卻讓我除卻浮躁,經歷了思考和啟示,也更加深切地體會了法學的精髓和意義,因此倍感珍惜。
還要感謝父母在我求學生涯中給與我無微不至的關懷和照顧,一如既往地支持我、鼓勵我。同時,還要感謝馬元平同學、張樂同學、趙潔同學、王玥同學三年來對我的愛護、包容和幫助,愿友誼長存!
分層輔導是分層教學的重要輔助環節,應貫穿于課前、課中、課后全過程。課前輔導是為課中教學做好鋪墊;課中輔導是為了及時給學生排解障礙,避免影響后續學習;課后輔導是為了查漏補缺,再登臺階。分層輔導既要重視幫助學生完成新課學習任務,同時又要重視完善學生的非智力因素,尤其是對后進生更應強化這方面的工作。
對不同層次學生的輔導要采取不同的方式,輔導的重點也應有所差別。對后進生的輔導頻次相對要多些,重點是進行基礎知識輔導和心理輔導,幫助他們明確學習目的,端正學習態度,克服自卑,重樹自信,增加自覺學習的驅動;對中等生的輔導重點是進行基礎知識歸類輔導和心理狀態調整輔導,幫助他們分析知識結構,歸納要點,并著重進行學法指導和思維活動的啟發,使之對所學知識有一個明晰的認識、系統的了解,使他們形成良好的學習習慣和較好的自學能力;同時還要督促和鼓勵他們向更高目標努力,不斷追求上進。對優秀生主要采取鞭策激勵方式,多給他們提供一些開發性的問題或介紹一些參考資料,讓他們自己去探索、去實踐,鼓勵他們想象、發
散、求異,以培養實踐能力和創新能力。
二、分層測試
日常教學中一般性考試的作用在于檢測學生學習目標的達成情況,這種檢測無論對于教師的“教”還是對于學生的“學”都是非常有意義的。從“教”的角度講,可以為教師今后的教學決策提供可靠數據,便于調整和強化教學過程;從“學”的角度說,可以對學生現階段的學習狀況進行診斷,從而為后續學習指明努力的方向。
分層測試所用試卷仍是同樣一份試卷,但試卷中的題目有A、B、C三個級別之分。A級題是與A級學習目標相應的基本題。B級題是與B級目標相應的提高題。C級題是與C級學習目標相應的拓展題。要求平常學習目標定位在A級的同學(即后進生)必答A級題,選答其他題;平常學習目標定位在B級的同學(即中進生)必答A級題和B級題,選答C級題;平常學習目標定位在C級的同學(即優秀生)A、B、C三個級別的題目都必須作答。通過這樣的分層測試,不僅可以檢驗各層學生的達標情況,而且也可以鼓勵學生(尤其是中等生和后進生)超額完成任務,不斷向前努力,爭取最大進步。三、分層評價
經常性的反饋是提高教學有效性的保證。教學中,對不同層次學生的自學、討論、提問、練習、作業、測試等,教師要采用不同的評價方法。評價不應僅僅著眼于某個學生所處的層面上,還要以發展的觀點,充分挖掘學生學習中的閃光點,以激勵方式給學生客觀、公正、科學的評價,以此來調動學生學習的積極性,激發他們內在的學習動機。對后進生要采用表揚評價,發現并肯定他們取得的點滴進步,使其看到希望,消除自卑,樹立自信,感受學習成功的喜悅;對中等生要采用激勵評價,即肯定成績,揭示不足,指明努力方向,促使他們不甘落后,積極進取;對優等生采用競爭評價,堅持高標準、嚴要求,促使他們謙虛嚴謹,努力拼搏,不斷超越自我。總之,要讓教師的評價不僅成為強化或矯正所學知識的手段,而且成為激發各層次學生搞好學習的催化劑。
在這一環節中教師應充分發揮評價的激勵導向功能,鼓勵學生在達成各自原定學習目標之后繼續前進,在爭取實現高一層次學習目標的努力中使自己得到最大限度的發展。
四、分層作業
作業是課堂教學的重要延伸和必要補充。通過作業,可有效地訓練和提高學生對知識的理解能力、分析能力及遷移運用能力。從一定意義上講,作業是促進學生鞏固新學知識、將知識轉化為能力的必不可少的重要環節。為使不同層次的學生都能通過作業得到應有的能力發展,教師對作業也要做到分層布置,允許不同層次的學生根據自己的能力完成不同數量和不同難度的作業。
為使分層作業的要求能夠真正促進各層學生取得應有的進步,在實施該環節的過程中,教師需要注意以下幾點:①作業分層要求,允許不同層次的學生完成不同數量和不同難度的作業,但需防止某些學生將之當成不做作業或少做作業的借口。②分層作業使得不同層次的學生都有機會在作業中證明能力,表現進步,增加自信,感受成功的喜悅,教師要對學生作業的積極表現(如正確率高、書寫認真規范、超額完成作業量等)及時地給予肯定評價,以激發學生更加努力學習的熱情。③對學生作業中出現的各種問題(或是作業態度的或是學科知識的)都要及時地幫助解決。普遍性的問題集中解決,不同層次學生的問題分層解決,個別學生的問題個別解決。如果是作業題目方面的問題,還可發揮學習小組成員間的協助作用,這樣既可減輕教師的負擔,也有助于學生間的相互學習、相互促進、共同提高。
[摘要]針對高中生物學科如何通過教學來實現全體學生都能獲得充分發展這一問題,本文提出了分層輔導、分層測試及分層評價的分層教學,它有利于滿足不同層次水平學生的發展需要,較好地處理了面向全體和因材施教之間的矛盾,培養了他們的自學能力、交往合作能力和自我發展能力。
[關鍵詞]分層教學分層輔導分層測試分層評價
參考文獻:
一、正在出現的技術
Klingler(Lncytepharmaceuticals,PaloAlto,CA,USA)強調基因組學正推動制藥業進入信息時代。隨著不斷增加的序列、表達和作圖數據的產生,描述和開發這些數據的信息工具變得對實現基因組研究的任務至關重要。他談到了Incytepharmaceuticals對大規模基因組數據和生物信息學的貢獻。
Lipshutz(Affymetrix,Santaclara,CA,USA)描述了一種利用DNA探針陣列進行基因組研究的方法,其原理是通過更有效有作圖、表達檢測和多態性篩選方法,可以實現對人類基因組的測序。光介導的化學合成法被應用于制造小型化的高密度寡核苷酸探針的陣列,這種通過軟件包件設計的寡核苷酸探針陣列可用于多態性篩查、基因分型和表達檢測。然后這些陣列就可以直接用于并行DNA雜交分析,以獲得序列、表達和基因分型信息。Milosavljevic(CuraGen,Branford,CT,USA)介紹了一種新的基于專用定量表達分析方法的基因表達檢測系統,以及一種發現基因的系統GeneScape。為了有效地抽樣表達,特意制作片段模式以了解特定基因的子序列的發生和冗余程度。他在酵母差異基因表達的大規模研究中對該技術的性能進行了驗證,并論述了技術在基因的表達、生物學功能以及疾病的基礎研究中的應用。
二、基因的功能分析
Overton(UniversityofPennsylvaniaSchoolofMedicine,Philadelphia,PA,USA)論述了人類基因組計劃的下一階段的任務——基因組水平的基因功能分析。這一階段產生的數據的分析、管理和可視性將毫無疑問地比第一階段更為復雜。他介紹了一種用于脊椎動物造血系統紅系發生的功能分析的原型系統E-poDB,它包括了用于集成數據資源的Kleisli系統和建立internet或intranet上視覺化工具的bioWidget圖形用戶界面。EpoDB有可能指導實驗人員發現不可能用傳統實驗方法得到的紅系發育的新的藥物靶,制藥業所感興趣的是全新的藥物靶,EpoDB提供了這樣一個機會,這可能是它最令人激動的地方。
Sali(Rockefelleruniversity,NewYork,NY,USA)討論了同源蛋白質結構模建。比較蛋白質模建(comparativeproteinmodeling)也稱為同源模建(homologymodeling),即利用實驗確定的蛋白質結構為模式(模型)來預測另一種具有相似氨基酸序列的蛋白質(靶)的構象。此方法現在已經具有了足夠的精確性,并且被認為效果良好,因為蛋白質序列的一個微小變化通常僅僅導致其三維結構的細微改變。
Babbitt(UniversityofCalifornia,SanFrancisco,CA,USA)討論了通過數據庫搜索來識別遠緣蛋白質的方法。對蛋白質超家族的結構和功能的相互依賴性的理解,要求了解自然所塑造的一個特定結構模板的隱含限制。蛋白質結構之間的最有趣的關系經常在分歧的序列中得以表現,因而區分得分低(low-scoring)但生物學關系顯著的序列與得分高而生物學關系較不顯著的序列是重要的。Babbit證明了通過使用BLAST檢索,可以在數據庫搜索所得的低得分區識別遠緣關系(distantrelationship)。Levitt(Stanforduniveersity,PaloAlto,CA,USA)討論了蛋白質結構預測和一種僅從序列數據對功能自動模建的方法。基因功能取決于基因編碼的蛋白質的三級結構,但數據庫中蛋白質序列的數目每18個月翻一番。為了確定這些序列的功能,結構必須確定。同源模建和從頭折疊(abinitiofolding)方法是兩種現有的互為補充的蛋白質結構預測方法;同源模建是通過片段匹配(segmentmatching)來完成的,計算機程棄SegMod就是基于同源模建方法的。
三、新的數據工具
Letovsky(JohnshopkinsUniversity,Baltimore,MD,USA)介紹了GDB數據庫,它由每條人類染色體的許多不同圖譜組成,包括細胞遺傳學、遺傳學、放射雜交和序列標簽位點(STS)的內容,以及由不同研究者用同種方法得到的圖譜。就位置查詢而言,如果不論其類型(type)和來源(source),或者是否它們正好包含用以批定感興趣的區域的標志(markers),能夠搜索所有圖譜是有用的。為此目的,該數據庫使用了一種公用坐標系統(commoncoordinatesystem)來排列這些圖譜。數據庫還提供了一張高分辨率的和與其他圖譜共享許多標志的圖譜作為標準。共享標志的標之間的對應性容許同等于所有其它圖譜的標準圖譜的分配。
Markowitz(LawrenceberkeleyLaboratory,Berkeley,CA,USA)討論了分布式數據庫與局部管理的關系,以及用基于工具的方法開發分子生物學數據庫(MDBs)的問題。許多方案當前正在促進搜索多種不同來源MDBs的數據,包括建立數據倉庫;這要求對各種MDBs的組合有一種全局觀,并從成員MDBs中裝填數據入中心數據庫。這些方案的主要問題是開發整體視圖(globalviews),構建巨大的數據倉庫并使集成的數據庫與不斷發展中的成員MDBs同步化的復雜性。Markowitz還討論了對象協議模型(objectprotocolmodel,OPM),并介紹了支持以下用途的工具:建立用于文本文件或者關系MDBs的OPM視圖;將MDBs作成一個數據庫目錄,提供MDB名稱、定位、主題、獲取信息和MDB間鏈接等信息;說明、處理和解釋多數據庫查詢。Karp(SRIinternational,MenloPark,CA,USA)解釋了Ocelot,一種能滿足管理生物學信息需求的面向對象知識陳述系統(一種面向對象系統的人工智能版)。Ocelot支持略圖展開(schemaevolution)并采用一種新的最優化并行控制機制(同時進行多項訪問數據的過程),其略圖驅動圖形編輯器提供了交互式瀏覽和編輯功能,其注釋系統支持數據庫開發者之間的結構通訊。
Riley(MarinebiologicalLaboratory,WoodsHole,MA,USA)在討論大腸桿菌蛋白質的功能同時,特別提到了GPEC數據庫,它包括了由實驗確定的所有E.coli基因的功能的信息。該數據庫中最大比例的蛋白質是酶,其次則為轉運和調控蛋白。
Candlin(PEappliedBiosystems,FosterCity,CA,USA)介紹了一種新的存儲直接來自ABⅠPrismdNA測序儀的數據的關系數據庫系統BioLIMS。該系統可以與其它測序儀的數據集成,并可方便地與其它軟件包自動調用,為測序儀與序列數據的集成提供了一種開放的、可擴展的生物信息學平臺。
Glynais(NetGenics,Cleveland,OH,USA)認為生物信息學中最關鍵的問題之一是軟件工具和數據庫缺乏靈活性。但是,軟件技術的發展已得到了其它領域如金融業和制造業的發展經驗的借鑒,可以使來自不同軟件商的運行于各種硬件系統的軟件共同工作。這種系統的國際標準是CORBA,一種由250多個主要軟件和硬件公司共同合作開發的軟件體系。聯合使用CORBA和Java可以開發各種通過一個公用用戶界面訪問任何種類的數據或軟件工具的網絡應用軟件,也包括生物信息學應用軟件。Overton不同意Glynias的這種想法,他強調說CORBA僅對軟件集成有用,不兼容的數據庫軟件可能是計算生物學所面臨的最困難問題,一些制藥公司和數據庫倉庫最近資助了一項用OCRBA鏈接不同的數據庫的計劃[2,3]。
四、制藥先導的發現
Burgess(Sturcturalbioinformatics,SanDiego,CA,USA)討論了填補基因組學和藥物設計之間鴻溝的蛋白質結構中的計算問題。在缺乏主要疾病基因或藥物靶的精確描述數據的情況下,藥物設計者們不得不采用大規模表達蛋白質篩選方法;而結構生物信息學則采用一種更為實用有效的計算方法直接從序列數據中確定靶蛋白質的活性位點的精細結構特征,它利用一種集成專家系統從現實的或虛擬的化學文庫中進行迅速的計算篩選,可以達到一個很大的規模。
Elliston(Genelogic,Columbia,MD,USA)討論了治療藥物開發中發現新的分子靶的過程,著重討論了基因發現方法。他認為,隨著日益臨近的人類基因組測序的完成,幾乎全部基因的特征將在序列水平得到揭示。但是,對基因的認識將有賴于更多的信息而不僅僅是序列,需要考慮的第一類信息是轉錄表達水平信息,而Genelogic公司的GeneExpress就是一個由mRNA表達譜、轉錄因子位點、新基因和表達序列標簽組成的數據庫。
Liebman(Vysis,Downessgrove,IL,USA)介紹了Vysis公司開發的計算和實驗方法,這些主法不僅用于管理序列數據,而且被用于以下用途:分析臨床數據庫和自然—突變數據庫;開發新的算法以建立功能同源性(區別于序列同源性)模擬生物學通路以進行風險評估;藥物設計的靶評估;聯系復雜的通路特性以便識別副作用;開發疾病發展的定性模型并解釋臨床后果。
隨著發現的新基因的日益增多,這個問題顯得格外重要:基因的功能是什么?Escobedo(Chirontechnologies,Emeryville,CA,USA)提出了這個問題的一種方法:將分泌蛋白質的基因的功能克隆與篩選這些克隆(可能的藥物靶)結合起來。在這種方法中,在微粒體cDNA文庫池中進行體外翻譯避免了勞動密集的克隆、表達和純化步聚,對文庫池中的翻譯產物在細胞水平進行篩選,測試其在細胞增殖和分化中的作用。例如,在用這種方法識別的111個克隆中,56個屬于已知的分泌蛋白質,25個為膜相關蛋白,另外30個功能未知,可能是新的蛋白質。一種相似的方法在轉移到小鼠模型系統中的基因傳導載體中構建分泌蛋白質的cDNA文庫來克隆特定的功能基因。
Ffuchs(Glaxowellcome,ResearchTrianglePark,NC,USA)討論了生物信息學更為廣義的影響:它不僅影響到新藥物靶基的發現,還對改善藥物開發的臨床前期和臨床期的現狀極具重要性。眾所周知,涉汲數以千計病人的臨床試驗(可能是藥物開發最為花錢的部分)的設計不論多么仔細,也不能為正確的藥物選擇正確的病人。而在基因組水平劃分病人群體的方法可以大大改善發現新藥的效率。Fuchs介紹了一種將病人的基因型和表型標志結合起來以改善臨床前期和臨床期藥物開發過程的系統GeneticinformationSystem.他強調將遺傳學和生物信息學數據同化學、生物化學、藥理學和醫學數據連接起來的集成信息管理和分析方法是極其重要的。
Green(HumanGenomeSciences,Rockville,MD,USA)介紹了他的測序工作中采用的數據管理工具。基于EST的測序方法所面臨的挑戰是,在對幾百個cDNA克復測序之后,產生的數據堆積如山。由于大多數人類基因都是用這種方法發現并在么有數據庫中分類編排的,面臨的識別開放讀框、重疊序列的重疊圖譜、組織特異表達和低豐度mRNA基因的任務是令人生畏的。HumangenomeSciences公司開發了一些可用戶化數據庫工具,在同一個數據庫中可包括以下功能:WWW上訪問和檢索數據,序列拼接,臨視潛在藥物靶基因的研究進展等。這些能夠管理多項任務——從注釋基因序列到成功開發基因產物進入藥物發現的流程——的軟件工具,極其可望從一種基于基因組知識的藥物發現方法中得到新的藥物靶。
Summer-Smith(Base4bioinformatics,Mississauga,Ontario,Canada)描述了一種相關的策略。藥物發現階段中所要求的軟件工具的任務是多樣化的,要能注釋基因,并闡明它的生理和病理功能及其商業潛質。對這樣多種來源的信息的集成與分析,在派生的、項目取向的數據庫(project-specificdatabase,PSD)中可以很好完成。由于項目貫穿于發現到開發全過程,其間又不斷加入背景的成員,PSD在項目的管理與發展中成為一種關鍵性的資源。
按照Smith(Bostonuniversity,Boston,MA,USA)的觀點[2],我們并不需要更快捷的計算機或更多的計算機科學家,而是需要更的生物學家和生物化學家來解釋序列的功能。這對有些軟件或硬件專家來說是個打擊,但生物學系統的復雜性是令人生畏的,并且對基因功能的認識可能需要生物學方法和計算方法的結合。探索基因的功能很可能要花費生物學家們數十年的時間,本次會議表明沒有任何單一的方法可以得出一個答案;但是,將計算生物學同大規模篩先結合起來識別一種化學靶物(hit)是一種產生化學工具來探索基因功能的方法,這些化學工具接下來就可以用作理解基因功能的“探針”。這種方法在Butt(GeneTranscriptionTechnologies,Philadelphia,PA,USA)的描述中,既是一種檢查基因功能的簡單方法,也是為潛在的藥物靶發現化學先導物的簡單方法,他描述了一種可以在酵母中重建人類基因功能的酵母大規模篩選系統。在此系統中,可以迅捷地在一個化學文庫中發現配基。這種技術的重要特征是它不僅僅是發現一種藥物靶的配基的篩板(screen),相反,由于該系統的高速度,它也是發現先導靶基因的一種篩板。過去,世界上的制藥公司通常在某一時間內僅能對有限數目(約20多個)的藥物靶基因進行工作,鑒于此,我們需要根本不同的方法如基因組學來打開通向“新”生物學的通路。由于機器人和合成化學的進步,藥物發現中最關鍵的問題不再是得到一種先導化合物(leadcompound),而是得到導向靶基因。此次會議為從計算和實驗方法中發展出的新生物學邁出很好的一步。
參考文獻
1LimHA,BatttR.TIBTECH,1998;16(3)):104